Gracias por tu ayuda Proguez. Ya e solucionado mi problema: Por descarte deduje que tenia un virus en la particion de arranque de sistema de 100mb que crea windows ultimate. Lo que hice fue quitar el disco primario y ponerlo en una caja USB externa, luego pude formatear sin problema e iniciar el que tenia como secundario, aun asi no pude detectar ni eliminar el virus, osea que explore desde este windows el que estaba por USB y formateé la particion de arranque. Luego inicie la maquina desde el CD de windows con el disco primario ya conectado por Sata y y el secundario con windows nuevo quitado. Al arrancar desde el CD fui a "rparar equipo" alli fui a "simbolo de Sistema" y escribi los comandos "Bootrec.exe /FixMbr" y "Bootrec.exe /FixBoot". Esto me reparo la particion formateada de arranque, aun asi no arranco el windows tirandome un mensaje que no reconocia un ".sys" que estaba en la carpeta System32 del sistema. Volvi a poner el disco duro con windows como primario y este en USB, arranque y explore desde el windows nuevo mi disco USB, eliminé dicho archivo ".sys" y ya esta. Como nuevo!
Gracias otra vez por tu interes, La configuracion que me recomiendas de antivirus / antispawn no me gusta del todo, tube algunos problemas con Malwarebytes hace un par de años. Me gusta Avast!, e comprado un año por la version completa y creo que sumado al Firewall de windows es bastante seguro.